Ketika melawat Beijing pada 1970, Sihanouk digulingkan oleh rampasan kuasa oleh tentera pimpinan Perdana Menteri Jeneral Lon Nol dan Putera Sisowath Sirik Matak. Sokongan AS terhadap rampasan kuasa ini tidak terbukti.[30] Apapun setelah selesainya rampasan, rejim baru yang serta-merta menuntut supaya komunis Vietnam meninggalkan Kemboja meraih sokongan AS. Angkatan Vietam Utara dan Viet Cong terdesak untuk mempertahankan suaka dan laluan bekalan dari Vietnam Utara, maka mereka segera melancarkan serangan bersenjata terhadap kerajaan baru itu. Raja menyeru para pengikutnya membantu menggulingkan kerajaan ini, maka tercetusnya perang saudara.[31] Tidak lama kemudian angkatan pemberontak Khmer Rouge mula menggunakan beliau untuk meraih sokongan. Namun dari 1970 hingga awal 1972, persengketaan di Kemboja ini rata-rata melagakan kerajaan dan tentera Kemboja dengan tentera Vietnam Utara. Dalam menguasai wilayah Kemboja, komunis Vietnam mendirikan prasarana politik baru yang akhirnya dikuasai oleh puak komunis Kemboja yang kini dikenali sebagai Khmer Rouge.[32] Dari 1969 hingga 1973, angkatan Vietnam Selatan dan Amerika Syarikat membedil Kemboja dalam usaha mematahkan Viet Cong dan Khmer Rouge.

Dokumen-dokumen yang terbongkar dari arkib Soviet selepas 1991 mendedahkan bahawa Vietnam Utara cuba menceroboh Kemboja pada 1970 atas permintaan terang-terangan daripada Khmer Rouge dengan rundingan oleh timbalan Pol Pot ketika itu iaitu Nuon Chea.[33] Banyak jawatan tentera Kemboja yang dirampas oleh unit-unit Tentera Vietnam Utara sementara Parti Komunis Kampuchea (PCK) melanjutkan serangan kecil-kecilan terhadap talian-talian perhubungan. Presiden AS, Richard Nixon bertindak terhadap Vietnam Utara dengan mengumumkan bahawa angkatan-angkatan darat AS dan Vietnam Selatan telah memasuki Kemboja dalam kempen yang bertujuan memusnahkan kawasan-kawasan pangkalan Vietnam Utara di Kemboja.[34] Sungguhpun banyak sekali kelengkapan yang dirampas atau dimusnahkan oleh AS dan Vietnam Selatan, namun kemaraan Vietnam Utara langsung sukar dibendung.

Kepimpinan Republik Khmer dibelenggui oleh perpecahan di kalangan tiga tokoh utamanya iaitu Lon Nol, sepupu Sihanouk iaitu Sirik Matak, dan ketua Perhimpunan Negara In Tam. Lon Nol kekal berkuasa kerana antara lainnya Sirik Matak dan In Tam langsung tidak bersedia untuk mengambil alih tempatnya. Pada 1972, digubalnya sebuah perlembagaan baru dan terpilihnya sebuah parlimen dengan Lon Nol selaku Presiden. Namun pentadbiran awam dan tentera lumpuh akibat perpecahan, masalah ketika membangunkan seangkatan tentera 30,000 orang kepada angkatan tempur kebangsaan seramai 200,000 anggota, serta amalan rasuah berleluasa.

Pemberontakan Komunis di dalam Kemboja terus berkembang dan disemarakkan oleh bekalan dan bantuan tentera dari Vietnam Utara. Pol Pot dan Ieng Sary memantapkan penguasaan mereka terhadap ahli-ahli komunis latihan Vietnam yang mana kebanyakan daripada mereka dibasmikan. Pada masa yang sama angkatan PCK menjadi lebih kuat dan kurang bergantung akan penaungnya dari Vietnam. Pada 1973, PCK sedang memerangi angkatan kerajaan tanpa banyak bantuan ketenteraan Vietnam Utara lalu menguasai 60% daripada wilayah Kemboja dan 25% penduduknya. Pemerintahan melakukan tiga cubaan sia-sia untuk berunding dengan pemberontak, tetapi pada 1974, PCK sudah pun beroperasi secara terbuka secara berdivisi-divisi, malah sesetengah angkatan tempur Vietnam Utara sudah mara ke Vietnam Selatan. Penguasaan Lon Nol terbatas kepada enklaf-enklaf kecil di sekitar bandar-bandar besar dan laluan-laluan pengangkutan utama. Lebih 2 juta orang pelarian perang tinggal di Phnom Penh dan lain-lain bandar.

Pada 1 Januari 1975, angkatan Komunis melancarkan serangan yang disusuli dengan pertempuran sengit selama 117 hari hingga akhirnya menjatuhkan Republik Khmer. Serangan-serangan serentak di sekitar sempadan kota Phnom Penh menumpaskan tentera Republik sementara unit-unit PCK yang lain menakluki pangkalan-pangkalan bersenjata yang mengawal laluan bekal ganti hilir Mekong. Amerika Syarikat menamatkan bekalan senjata dan beras setelah Kongres menolak bantuan tambahan untuk Kemboja. Kerajaan Lon Nol di Phnom Penh menyerah kalah pada 17 April 1975, iaitu hanya lima hari selepas misi AS berundur dari Kemboja.[35]

Rejim Khmer Rouge

Khmer Rouge merampas kuasa pada tahun 1975. Di bawah pimpinan Pol Pot mereka menukar nama rasmi negara kepada Kampuchea Demokratik. Rejim baru ini mencontohi negara Cina pimpinan Mao Zedong ketika Kemaraan Raksasa dengan segera mengosongkan bandar-bandar dan mengerahkan seluruh penduduk negara ke projek-projek perusahaan luar bandar. Khmer Rouge cuba membina semula pertanian negara berasaskan model abad ke-11, menghapuskan perubatan Barat serta memusnahkan tempat ibadah, perpustakaan dan lain-lain yang dianggap kebaratan.

Adalah dianggarkan bahawa Khmer Rouge membunuh seramai sejuta ke tiga juta orang, tetapi bilangan yang paling umum dipetik adalah dua juta, iaitu kira-kira satu perempat daripada jumlah penduduk negara.[36][37][38] Daripada zaman kegelapan ini lahirnya istilah Padang Pembunuhan. Bangunan penjara Tuol Sleng digeruni sebagai tempat pembunuhan beramai-ramai. Beratus-ribu orang melarikan diri ke negara jiran Thailand. Malah rejim amat memberati kaum-kaum minoriti dalam penyembelihannya, terutamanya suku Cham Muslimin yang kematian seramai separuh daripada jumlah ahlinya.[39]

Penghantaran balik secara paksa pada 1970 dan kematian-kematian akibat zaman Khmer Rouge mengurangkan jumlah penduduk keturunan Vietnam di Kemboja dari 250,000 ke 300,000 orang pada 1969 menjadi hanya 56,000 orang pada 1984.[25] Namun kebanyakan mangsa rejim Khmer Rouge bukanlah dari suku minoriti tetapi adalah bangsa Khmer. Golongan profesional seperti doktor, peguam dan guru juga menjadi sasaran. Menurut Robert D. Kaplan, "cermin mata sama berbahaya dengan bintang kuning" (iaitu lencana yang dipakai oleh Yahudi di Jerman pada zaman Nazi) kerana ia dipandang sebagai lambang keilmuan.[40]

Pendudukan Vietnam dan peralihan

Pada November 1978, tentera Vietnam menceroboh Kemboja sebagai membalas serbuan sempadan oleh Khmer Rouge.[41] Maka tertubuhnya Republik Rakyat Kampuchea (RRK), iaitu sebuah negeri pro-Soviet pimpinan Parti Revolusioner Rakyat Kampuchea yang ditubuhkan oleh bangsa Vietnam pada 1951 dan diketuai oleh segelintir anggota Khmer Rouge yang melarikan diri dari Kemboja untuk mengelak pembantaian oleh Pol Pot dan Ta Mok.[42] Rejim baru ini terhutang budi sepenuhnya kepada tentera pendudukan Vietnam dan mengikut telunjuk duta Vietnam di Phnom Penh. Persenjataannya datang dari Vietnam dan Kesatuan Soviet. Sebagai tentangan kepada negeri baru itu, sebuah kerajaan dalam buangan yang dikenali sebagai Kerajaan Gabungan Kampuchea Demokratik (KGKD) didirikan pada 1981 oleh tiga puak iaitu Khmer Rouge, puak penyokong raja pimpinan Sihanouk, dan Barisan Pembebasan Kebangsaan Rakyat Khmer, bahkan perjuangannya diiktiraf oleh Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu. Wakil Khmer Rouge ke PBB, iaitu Thiounn Prasith dikekalkan menjawat tetapi perlu bekerjasama sambil berunding dengan wakil-wakil parti bukan komunis di Kemboja.[43][44] Keengganan Vietnam untuk berundur dari Kemboja mengundang sekatan ekonomi[45] oleh Amerika Syarikat dan sekutu-sekutunya.

Usaha pendamaian dimulakan di Paris pada tahun 1989 di bawah nama "Negara Kemboja" dan berakhir pada October 1991 dalam bentuk Penyelesaian Damai Menyeluruh Paris. PBB diberi mandat untuk menguatkuasakan gencatan senjata dan menubuhkan badan pengurusan pelarian dan usaha pendamaian yang dikenali sebagai Autoriti Peralihan Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu di Kemboja (UNTAC).[46]

Pemerintahan beraja dipulihkan

Pada 1993, Norodom Sihanouk ditabalkan semula sebagai Raja Kemboja tetapi segala kuasa pemerintahan terserah kepada kerajaan yang tertubuh ekoran pilihan raya tajaan UNTAC. Kestabilan politik yang susah-payah tercapai setelah sengketa berlarutan itu patah pada tahun 1997 akibat rampasan kuasa oleh pekongsi jawatan Perdana Menteri iaitu Hun Sen terhadap parti-parti bukan komunis dalam pemerintahan.[47] Namun pada awal abad ke-21 usaha pembinaan semula dijalankan dan sedikit sebanyak membuahkan semula kestabilan politik melalui demokrasi berbilang parti di bawah seorang raja berperlembagaan.[48]

Pada Julai 2010, Kang Kek Iew adalah anggota Khmer Rouge pertama yang didapati bersalah atas jenayah perang dan jenayah terhadap kemanusiaan dalam peranannya sebagai bekas komandan kem pembasmian S21 lalu dijatuhi hukuman penjara seumur hidup.[49][50] Akan tetapi Hun Sen menentang perbicaraan berlarutan ke atas pelaku-pelaku penyembelihan Khmer Rouge demi menjaga ketenteraman negara.[51]

Pada Ogos 2014, sebuah tribunal jenayah perang dukungan PBB, iaitu Kamar-Kamar Luar Biasa dalam Mahkamah Kemboja (juga dikenali sebagai Tribunal Khmer Rouge), menjatuhi hukuman penjara seumur hidup ke atas Khieu Samphan, iaitu bekas ketua negara rejim, dan Nuon Chea, pendukung ideologi utamanya atas tuduhan jenayah perang dalam peranan mereka dalam pemerintahan kuku besi Khmer Rouge pada 1970-an. Perbicaraannya dimulakan pada November 2011. Bekas Menteri Luar Ieng Sary meninggal pada 2013. Pemimpin agung Khmer Rouge iaitu Pol Pot sudah meninggal pada 1998.